Franjevci su u Koprivnicu došli prije 1290., a grad su napustili zbog opasnosti od Osmanlija prije 1548. U Koprivnicu su se kratko vratili početkom 17. stoljeća. Nakon trećega dolaska u Koprivnicu, franjevci su 1675. počeli graditi barokni zidani samostan i crkvu sv. Antuna Padovanskoga. Samostan i crkva uglavnom su dovršeni 1685. Prvo je izgrađeno istočno krilo samostana koje i danas postoji, a poslije je nadograđeno južno krilo koje je bilo srušeno 1923. Tada je podignuta nova zgrada na kat uz crkvu. Na prostoru između crkve i samostana od 1692. do oko 1816. postojala je kapela B. D. Marije Lauretanske. Vrijedan dio crkve jest zavjetna kapela sv. Spasitelja, izgrađena 1747. Crkva je postala župnom 1983. U dijelu franjevačkoga samostana smještena je muzejska zbirka s vrijednom knjižnicom.