Prva koprivnička župna crkva, crkva sv. Nikole biskupa, izgrađena je u 12. stoljeću, što potvrđuju nalazi arheologa. Ta je crkva krajem 13. stoljeća predana na upravu franjevcima. Oni su na tome mjestu u 14. stoljeću izgradili novu crkvu, crkvu sv. Marije i samostan, a nova župna crkva, crkva sv. Nikole, izgrađena je izvan središta grada, na mjestu gdje su se poslije nalazili bedemi koprivničke utvrde. Franjevci su Koprivnicu napustili prije 1548. Na ostatcima nekadašnje franjevačke crkve prije 1657. izgrađena je nova, današnja župna crkva sv. Nikole biskupa. Ta je crkva bila oštećena u potresu 1880. Crkva sv. Nikole obnovljena je i temeljito pregrađena 1892. kada dobiva današnji oblik i inventar. Na crkvi se danas nalaze spomen-ploče znamenitih Koprivničanaca – osnivača prve hrvatske pravne škole, Bečkoga kolegija, saborskoga zastupnika i kanonika Baltazara Dvorničića Napulyja, biskupa u Agri (Indija) Angelika Bedenika te župnika Stjepana Pavunića.